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Text File  |  1995-03-04  |  1.3 KB  |  30 lines
  1. *********************************************
  2. * Glucoamylase active site region signature *
  3. *********************************************
  4.  
  5. Glucoamylase (GA) (EC 3.2.1.3) is an enzyme  that  catalyzes the release of D-
  6. glucose  from   the   non-reducing   ends   of  starch  and   other oligo-  or
  7. polysaccharides.  Extensive  studies  of  fungal  GA have shown [1] that three
  8. closely  clustered acidic  residues play a  role in the catalytic mechanism of
  9. GA. The region that  includes these residues  is also  conserved in a recently
  10. sequenced bacterial GA [2]. We used this region as a signature pattern.
  11.  
  12. -Consensus pattern: [STN]-G-x(1,2)-[DE]-x-W-E-E-x(2)-G
  13.                     [All D/E are active site residues]
  14. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  15. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  16.  
  17. -Note: these proteins belong to family 15  in  the  classification of glycosyl
  18.  hydrolases [3].
  19. -Note: a GA from Schwanniomyces occidentalis  is not  a  member of this family
  20.  but belongs to family 31 (see the relevant entry).
  21.  
  22. -Last update: October 1993 / First entry.
  23.  
  24. [ 1] Sierks M.R., Ford C., Reilly P.J., Svensson B.
  25.      Protein Eng. 3:193-198(1990) .
  26. [ 2] Ohnishi H., Kitamura H., Minowa T., Sakai H., Ohta T.
  27.      Eur. J. Biochem. 207:413-418(1992).
  28. [ 3] Henrissat B.
  29.      Biochem. J. 280:309-316(1991).
  30.